Những hành động tàn bạo đã được thực hiện ở cả hai phía trong cuộc chiến. Việc sử dụng hành động khủng bố chống thường dân là điềm báo trước của điều sẽ xảy ra trong Thế chiến II.

Puente Nuevo, cây cầu nối 2 phần của thành phố Ronda tại Tây Ban Nha. Phía sau cửa sổ gần trung tâm của cây cầu là một gian nhà tù. Có những lời đồn rằng trong cuộc Nội chiến những người theo phe Quốc gia đã ném những người ủng hộ phe Cộng hoà xuống dưới hẻm núi El Tajo. Mặt khác, chính quyền xác nhận những hành động tàn bạo của những người Cộng hoà chống lại những người Quốc gia tại Ronda. "Vì thế trong tiểu thuyết Chuông nguyện hồn ai của Ernest Hemingway miêu tả về việc cư dân của một pueblo nhỏ đầu tiên đã đánh tất cả các thành viên nam giới của đảng phát xít bằng những chiếc đập lúa nặng và sau đó ném họ qua vách núi như thế nào gần với những điều thực tế xảy ra tại vùng núi Andalusian đẹp đẽ thuộc thị trấn Ronda. Tại đây 512 người đã bị giết hại trong tháng đầu tiên của cuộc chiến." [21]

Phe Quốc gia rất thường sử dụng những hành động này và lệnh thường được các chính quyền đưa ra nhằm trừ bỏ bất kỳ dấu hiệu nào của cánh tả ở Tây Ban Nha và thỉnh thoảng do cả các nhóm cực đoan tiến hành trong những tuần lễ đầu tiên của cuộc chiến. Những hành động này gồm ném bom các thành phố bên trong lãnh thổ phe Cộng hoà, chủ yếu do các phi công tự nguyện thuộc Lữ đoàn Thần ưng của Luftwaffe và Corpo Truppe Volontarie thuộc Không quân Italia thực hiện (Madrid, Barcelona, Valencia, Guernica, và các thành phố khác), việc hành quyết giáo viên (vì những nỗ lực của phe Cộng hoà nhằm truyền bá chính sách phi giáo hội và loại bỏ Nhà thờ khỏi hệ thống giáo dục, và việc đóng cửa các trường tôn giáo bị phe Quốc gia coi là sự tấn công vào Nhà thờ), việc hành quyết các cá nhân bởi những lời buộc tội chống tăng lữ, những cuộc giết người hàng loạt ở các thành phố họ chiếm đóng, việc hành quyết những người không vừa ý họ (gồm cả những người không phải chiến binh như các thành viên liên đoàn thương mại và những người bị cho là có cảm tình với phe Cộng hoà)...[22].

Những hành động tàn bạo thuộc phe Cộng hoà do các nhân viên chính phủ[cần dẫn nguồn], các đảng cầm quyền[cần dẫn nguồn] và những nhóm cánh tả cực đoan (chủ yếu là những người vô chính phủ)[cần dẫn nguồn] tiến hành chống lại những người bị cho là ủng hộ nổi loạn, gồm cả giới quý tộc, cựu chủ đất, nông dân giàu, những nhà công nghiệp, những công nhân phi xã hội và Nhà thờ. Những hành động này đã được những người bên phe Quốc gia gọi bằng thuật ngữ khủng bố đỏ. Những cuộc tấn công của phe Cộng hoà vào Nhà thờ Cơ đốc giáo, liên kết mạnh mẽ với sự ủng hộ cho nền quân chủ cũ và định chế vương triều, gây rất nhiều tranh cãi.

Gần 7.000 tăng lữ đã bị giết hại và các nhà thờ, tu viện đã bị tấn công (xem Những người Tử vì đạo trong cuộc Nội chiến Tây Ban Nha). 13 giám mục, 4184 linh mục giáo khu, 2365 nhà tu hành nam (trong số họ có 114 Jesuit) và 283 nhà tu hành nữ đã bị giết hại, và có nhiều lời tường thuật chưa được kiểm chứng về những tín đồ Cơ đốc giáo bị buộc phải nuốt các viên tràng hạt, những thầy tu bị buộc phải đào mồ của chính họ trước khi bị chôn sống.[23]Các hành động đàn áp khác từ phía phe Cộng hoà do các phe phái riêng biệt như Stalinist NKVD (cảnh sát mật Xô viết) tiến hành[24]. Cần lưu ý những tội ác do NKVD tiến hành diễn ra không chỉ chống lại những người thuộc phe Quốc gia mà còn cả với những người không có cùng lý tưởng, thậm chí khi họ đang chiến đấu cho phe Cộng hoà. Ngoài ra nhiều lãnh đạo phe Cộng hoà, như Lluís Companys, chủ tịch Generalitat de Catalunya, chính phủ tự trị của Catalonia, trung thành với nền Cộng hoà, đã tiến hành nhiều hành động trung gian trong những vụ hành quyết giới tăng lữ[25].